L'istanza di AUA ricevuta per via telematica dal SUAP territorialmente competente è inoltrata tempestivamente, sempre per via telematica, alla Città Metropolitana e ai Soggetti competenti. Nei successivi 30 giorni la Città Metropolitana, di concerto col SUAP, effettua una verifica di conformità sull'istanza al fine di valutare che sia completa di tutti gli elementi documentali e informativi richiesti dalla modulistica, e, se necessario, ne richiede il perfezionamento; una volta che l'istanza è giudicata completa, la Città Metropolitana provvede a trasmettere per tramite del SUAP, all'Impresa e ai Soggetti competenti, la comunicazione di avvio dell'endo-procedimento finalizzato all'adozione dell'AUA. Nel corso dell'istruttoria la Città Metropolitana può richiedere integrazioni documentali che comportano l'interruzione dei tempi del procedimento, tempi che corrispondono a 90 giorni a partire dalla consegna dell'istanza al SUAP. La Conferenza dei Servizi è indetta dalla Città Metropolitana ove già prevista nell'ambito delle normative di settore. Qualora l'Impresa, nell'ambito dell'intervento da realizzare, debba conseguire, oltre l'AUA anche altri titoli abilitativi NON ambientali (ad esempio permessi edilizi, autorizzazioni sanitarie, certificazioni antincendio, etc.) sarà cura del SUAP coordinare il Procedimento ai sensi del D.P.R. 160/2010 con la convocazione della Conferenza di Servizi e nell'ambito della Conferenza la Città metropolitana provvederà ad adottare e trasmettere l'AUA.
Al SUAP compete il rilascio del titolo autorizzativo sulla base del provvedimento adottato dalla Città Metropolitana.
L'AUA ha una durata di 15 anni decorrenti dal rilascio da parte del SUAP e il rinnovo deve essere chiesto almeno 6 mesi prima della scadenza.